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Ann. For. Sci.
Volume 57, Number 5-6, June-September 2000
Second International Workshop on Functional-Structural Tree Models
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| Page(s) | 445 - 461 | |
| DOI | https://doi.org/10.1051/forest:2000134 | |
DOI: 10.1051/forest:2000134
Ann. For. Sci. 57 (2000) 445-461
A distance measure between plant architectures
Pascal Ferraro - Christophe Godin
Plant Modelling Program - CIRAD, Programme de modélisation des plantes, TA/40E, 34398
Montpellier Cedex 5, France
(
Abstract:
In many biological fields (e.g. horticulture, forestry, botany), a need exists to quantify different types
of variability within a set of plants. In this paper, we propose a method to compare plant individuals
based on a detailed comparison of their architectures. The core of the method relies on an adaptation of
an algorithm for comparing rooted tree graphs, recently proposed by Zhang in theoretical computer science.
Using this algorithm a distance between two plants is defined as the cost of transforming one into the
other (using basic "edit operations"). We illustrate this method in three application fields and then
compare it with other methods for quantifying plant similarity.
Keywords:
topological structure of plants / plant comparison / analytical method
Résumé:
Définition d'une distance entre architectures de plantes. Dans de nombreux domaines de la biologie
(arboriculture, sylviculture, botanique), il est nécessaire d'étudier différents types de variabilité au
sein d'une population de plantes. Nous proposons, dans ce papier, une méthode de comparaison des plantes
basée sur une comparaison détaillée de leur architecture. Cette méthode est une adaptation d'un algorithme
de comparaison d'arborescences, proposé récemment par Zhang en informatique théorique. Cet algorithme nous
permet de définir une distance entre deux plantes comme le coût de la transformation de l'une en l'autre
(à l'aide d'opérations élémentaires d'édition). Cette méthode est illustrée dans trois domaines
d'application et elle est comparée à d'autres méthodes de quantification de la ressemblance entre plantes.
Mots clé :
structure topologique des plantes / comparaison des plantes / méthode analytique
Correspondence and reprints: Pascal Ferraro
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