DOI: 10.1051/forest:2001119

Ann. For. Sci. 58 (2001) 203-206

Microsatellite markers for Pinus pinaster Ait.

Stéphanie Mariette^a, David Chagné^a, Stéphane Decroocq^a, Giuseppe Giovanni Vendramin^b, Céline Lalanne^a, Delphine Madur^a and Christophe Plomion<sup>a

a</sup>  INRA, BP45, Laboratoire de Génétique et Amélioration des Arbres Forestiers, 33610 Cestas, France
^b  Istituto Miglioramento Genetico Piante Forestali, CNR, Via A. Vannucci 13, 50134 Firenze, Italy

(Received 26 January 2000; accepted 13 June 2000)

Abstract
Simple sequence repeats (SSRs) or microsatellites are valuable tools for genome mapping and population genetic studies for as they are codominant and highly polymorphic markers. Seventy-six SSR primer pairs from four Pinus species were tested to amplify microsatellites in Pinus pinaster. Twenty-six primer pairs were stemmed from a microsatellite library on P. pinaster and the other primer pairs were obtained in other species of the same genus (P. radiata, P. strobus and P. halepensis ). Only three out of the 76 SSR primer pairs amplified at a single polymorphic locus in P. pinaster . The Mendelian inheritance of those three primer pairs was studied and their genetic map position was determined. The number of alleles and the level of heterozygosity were assessed in an analysis of a sample of 196 trees. The development of microsatellites in Pinus species has been reported to be a difficult task because of the size and complexity of their genome. The results of this study showed that cross-species amplification was quite unsuccessful.

Résumé
Marqueurs microsatellites chez Pinus pinaster Ait. Les microsatellites (SSRs) sont des outils de choix pour la cartographie génétique et les études de génétique des populations parce qu'ils sont des marqueurs codominants et très polymorphes. Soixante-seize paires d'amorces de quatre espèces de pin ont été utilisées afin d'amplifier des microsatellites chez Pinus pinaster. Vingt-neuf paires d'amorces étaient issues d'une banque enrichie en microsatellites sur P. pinaster et les autres paires d'amorces avaient été obtenues sur d'autres espèces du même genre (P. radiata, P. strobus et P. halepensis). Sur un total de 76 paires d'amorces, seulement trois ont amplifié un seul locus microsatellite polymorphe chez P. pinaster. Leur ségrégation mendélienne a été étudiée et chaque locus a été localisé sur une carte génétique. Le nombre d'allèles et l'hétérozygotie ont été ensuite évalués en analysant un échantillon de 196 arbres. Le développement de microsatellites chez les espèces du genre Pinus s'est révélée difficile en raison de la taille et de la complexité de leur génome. Les résultats de cette étude ont montré que l'amplification inter-espèces n'a rencontré que peu de succès.

Key words: Pinus pinaster / genetic variability / genetic mapping / microsatellite / cross-species amplification

Mots clés : Pinus pinaster / variabilité génétique / cartographie génétique / microsatellite / amplification inter-spécifique

Correspondence and reprints: Christophe Plomion Tel. (33) 05 57 97 90 76; Fax. (33) 05 57 97 90 88;
    e-mail: plomion@pierroton.inra.fr

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