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Ann. For. Sci.
Volume 66, Number 5, July-August 2009
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Article Number | 509 | |
Number of page(s) | 21 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/forest/2009037 | |
Published online | 09 July 2009 |
Number of pages: 21
DOI: 10.1051/forest/2009037
Generation of Expressed Sequence Tags and development of microsatellite markers for Castanopsis sieboldii var. sieboldii (Fagaceae)
Saneyoshi Ueno1, Kyoko Aoki2 and Yoshihiko Tsumura11 Tree Genetics Laboratory, Department of Forest Genetics, Forestry and Forest Products Research Institute, 1 Matsunosato, Tsukuba, Ibaraki 305-8687, Japan
2 Graduate School of Human and Environmental Studies, Kyoto University, Yoshida-nihonmatsu-cho, Sakyo, Kyoto 606-8501, Japan
Received 22 July 2008; Accepted 6 January 2009; Published online 9 July 2009
Abstract
• Castanopsis sieboldii var. sieboldii is an evergreen broadleaved canopy tree that grows on Honshu, Shikoku and Kyushu Islands in Japan. A
closely-related, hybridizing, congener species, C. cuspidata var. cuspidata,
has different leaf epidermis structure and different seed nuts morphology
compared to C. sieboldii var. sieboldii. Furthermore, the habitats in which
the two species grow often indicate different water requirements.
• Analysis of genetic diversity, using transcribed sequences, will provide a
sound basis for the management of this species, allowing successful
reforestation, incorporating phylogeographic conservation. In order to
obtain transcripts sequences for the species and to develop transcript-based
markers, we constructed and analyzed a cDNA library, surveyed microsatellite
sequences within it and designed PCR primers for the microsatellites.
• The cDNA library was constructed using tissue from the inner bark of C. sieboldii var.
sieboldii; 3 354 Expressed Sequence Tags (ESTs) were identified. We constructed 2 417
putative unigenes and assigned putative functions to 1 856 of them. Three
hundred and fourteen microsatellites were found within the putative unigenes
and 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) markers were developed. The EST-SSR
markers developpe in this study should facilitate future analysis of the
genetic diversity of this and related species.
Résumé - Generation de marqueurs de séquences
exprimées et développement de marqueurs
microsatellites pour Castanopsis sieboldii var. sieboldii (Fagaceae).
• Castanopsis sieboldii var. sieboldii est un feuillu sempervirent qui pousse sur les îles japonaises
de Honshu, Shikoku et Kyushu. C. cuspidata var. cuspidata une espèce congénère,
étroitement liée, hybridée, a une structure de l'épiderme
des feuilles différente et une morphologie différente des noix
semences par rapport à C. sieboldii var. sieboldii. En outre, les habitats dans lesquels
les deux espèces poussent indiquent souvent des besoins en eau
différents.
• L'analyse de la diversité génétique, en utilisant des
séquences transcrites, fournira une base solide pour la gestion de cette
espèce, ce qui permettra le succès des reboisements, en
intégrant une conservation phylogéographique. Afin d'obtenir les
transcriptions des séquences de l'espèce et de mettre au point des
marqueurs à base de transcription, nous avons construit et analysé
une banque d'ADNc, étudié des séquences microsatellites et
conçu des amorces PCR pour les microsatellites.
• La banque d'ADNc a été construite en utilisant les tissus de
l'écorce interne de C. sieboldii var. sieboldii, 3 354 marqueurs de séquences
exprimées (EST) ont été identifiés. Nous
avons construit 2 417 unigènes putatifs et assigné des fonctions
putatives à 1 856 d'entre eux. Trois cents quatorze microsatellites ont
été trouvés à l'intérieur des unigènes putatifs et
16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) marqueurs ont été
développés. Les marqueurs EST-SSR développés dans cette
étude devraient faciliter l'analyse future de la diversité
génétique de cette espèce et des espèces apparentées.
Key words: broadleaved tree / gene ontology / Castanopsis cuspidata var. cuspidata / Castanopsis sieboldii var. lutchuensis / Castanopsis sieboldii var. carlesii
Mots clés : arbre feuillu sempervirent / Castanopsis cuspidata var. cuspidata / Castanopsis sieboldii var. lutchuensis / Castanopsis sieboldii var. carlesii
Corresponding author: saueno@ffpri.affrc.go.jp
© INRA, EDP Sciences 2009